MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Javiana str. CFSAN001992 plasmid pCFSAN001992_1

Total Repeats: 188

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020306	ATC	2	6	382	387	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020306	TCA	2	6	532	537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_020306	ATC	2	6	566	571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020306	GATCC	2	10	656	665	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_020306	TCA	2	6	715	720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_020306	GTTC	2	8	751	758	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_020306	A	6	6	780	785	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020306	CGC	2	6	813	818	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_020306	CTGC	2	8	855	862	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_020306	CTG	2	6	916	921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_020306	CTT	2	6	936	941	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_020306	TC	3	6	982	987	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_020306	TTC	2	6	1004	1009	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020306	TTC	2	6	1073	1078	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_020306	C	6	6	1095	1100	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
16	NC_020306	TCA	2	6	1106	1111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_020306	ACA	2	6	1125	1130	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020306	TCG	2	6	1352	1357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_020306	CG	3	6	1374	1379	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_020306	TGA	2	6	1452	1457	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020306	CGCTT	2	10	1520	1529	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_020306	GC	3	6	1537	1542	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_020306	CAT	2	6	1554	1559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_020306	CAC	2	6	1570	1575	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_020306	TA	3	6	2105	2110	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020306	TAT	2	6	2114	2119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020306	TTCAG	2	10	2973	2982	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020306	GCC	2	6	3019	3024	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_020306	CGT	2	6	3126	3131	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020306	CCAG	2	8	3162	3169	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_020306	CTGCG	2	10	3184	3193	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_020306	ATGG	2	8	3577	3584	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020306	GAA	2	6	3663	3668	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020306	ATG	2	6	3759	3764	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020306	TC	3	6	3850	3855	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_020306	CAG	2	6	3858	3863	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_020306	TCAG	2	8	3910	3917	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_020306	ACCG	2	8	3948	3955	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_020306	GAC	2	6	3999	4004	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_020306	GGA	2	6	4064	4069	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020306	CGA	2	6	4238	4243	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_020306	CTGG	3	12	4245	4256	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020306	CTG	2	6	4302	4307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_020306	GCC	2	6	4387	4392	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_020306	GC	3	6	4431	4436	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_020306	TGC	2	6	4442	4447	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_020306	A	6	6	4452	4457	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020306	GCT	2	6	4517	4522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_020306	GTG	2	6	4557	4562	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020306	TGA	2	6	4568	4573	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020306	GGA	2	6	4592	4597	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020306	GACA	2	8	4633	4640	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020306	TGA	2	6	4649	4654	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020306	GTG	2	6	4701	4706	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020306	GAA	2	6	4722	4727	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020306	TGA	2	6	4775	4780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020306	CGG	2	6	4819	4824	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_020306	AGC	2	6	4861	4866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_020306	GCT	2	6	4927	4932	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_020306	GCT	2	6	4972	4977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_020306	CAG	2	6	5081	5086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_020306	GTGG	2	8	5119	5126	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020306	A	6	6	5157	5162	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020306	CGT	2	6	7384	7389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_020306	AAGT	2	8	8098	8105	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020306	GTA	2	6	8124	8129	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020306	GAG	2	6	8159	8164	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020306	TGA	2	6	8452	8457	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020306	TGGC	2	8	8493	8500	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020306	TGA	2	6	8530	8535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020306	CTAA	2	8	8615	8622	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020306	TGC	2	6	9533	9538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_020306	T	6	6	9799	9804	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020306	TCA	2	6	9825	9830	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_020306	TGA	2	6	9876	9881	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020306	CA	3	6	9897	9902	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020306	TTA	2	6	9974	9979	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020306	GCCC	2	8	10048	10055	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
79	NC_020306	ACA	2	6	10143	10148	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_020306	CCA	2	6	10184	10189	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_020306	GCC	2	6	10218	10223	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_020306	GAT	2	6	10263	10268	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020306	CAC	2	6	10347	10352	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_020306	CAT	2	6	10431	10436	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_020306	TGG	2	6	10479	10484	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020306	CTG	2	6	10554	10559	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020306	ATT	2	6	10649	10654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020306	T	6	6	10669	10674	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020306	ATT	2	6	10776	10781	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020306	AATC	2	8	10806	10813	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_020306	AAT	2	6	10835	10840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020306	AAT	2	6	10854	10859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020306	GGAT	2	8	11028	11035	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020306	ACG	2	6	11076	11081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_020306	ACC	2	6	11446	11451	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_020306	GGT	2	6	11452	11457	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020306	GGA	2	6	11814	11819	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020306	TTC	2	6	11864	11869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_020306	CTG	2	6	11902	11907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_020306	TCA	2	6	12023	12028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_020306	GAA	2	6	12034	12039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020306	AGG	2	6	12072	12077	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020306	ACA	2	6	12080	12085	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_020306	AT	3	6	12222	12227	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020306	ATT	3	9	12230	12238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020306	TAA	2	6	12245	12250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020306	TAA	2	6	12255	12260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020306	AATA	2	8	12278	12285	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020306	GATAA	2	10	12384	12393	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020306	TG	4	8	12440	12447	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020306	GTT	2	6	12469	12474	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020306	TAAG	2	8	12505	12512	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020306	ATT	2	6	12613	12618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020306	T	6	6	12629	12634	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020306	TAAT	2	8	12667	12674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020306	T	7	7	12677	12683	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020306	TTA	2	6	12701	12706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020306	CTGC	2	8	14104	14111	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_020306	TAA	2	6	14119	14124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020306	GCAG	2	8	14125	14132	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_020306	AGA	2	6	16464	16469	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020306	AT	3	6	16470	16475	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020306	ATT	2	6	17791	17796	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020306	A	6	6	18385	18390	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020306	GGC	2	6	18422	18427	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_020306	T	7	7	19294	19300	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020306	T	6	6	19329	19334	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020306	TGA	2	6	19340	19345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020306	GGCG	2	8	19376	19383	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
130	NC_020306	ATG	2	6	19400	19405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020306	TAA	2	6	19421	19426	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020306	TATAAA	2	12	19429	19440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020306	TGA	2	6	19451	19456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020306	GTG	2	6	19464	19469	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020306	TTC	2	6	19483	19488	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_020306	AT	3	6	19490	19495	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020306	GAA	2	6	19523	19528	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020306	GAG	2	6	19530	19535	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020306	TAT	2	6	20345	20350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020306	ATG	2	6	20374	20379	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020306	A	7	7	20400	20406	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020306	ATAA	2	8	20430	20437	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020306	TCT	2	6	20450	20455	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_020306	TAA	2	6	20471	20476	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020306	AGA	2	6	21153	21158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020306	ATC	2	6	21176	21181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_020306	TAG	2	6	21302	21307	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020306	TCTG	2	8	22162	22169	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020306	GA	3	6	22192	22197	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020306	GAAA	2	8	22281	22288	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020306	TCAT	2	8	22397	22404	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020306	ACAG	2	8	22419	22426	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
153	NC_020306	TAA	2	6	22468	22473	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020306	A	6	6	22510	22515	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020306	GAT	2	6	22542	22547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020306	AAG	2	6	22600	22605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_020306	TGC	2	6	22637	22642	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_020306	AAT	2	6	22650	22655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_020306	ATC	2	6	22660	22665	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_020306	TTA	2	6	22697	22702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_020306	CAT	2	6	22710	22715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_020306	AT	3	6	22739	22744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020306	ATA	2	6	22782	22787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_020306	TA	3	6	22847	22852	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020306	CAC	2	6	22901	22906	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
166	NC_020306	ACAG	2	8	22911	22918	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
167	NC_020306	AACA	2	8	22920	22927	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
168	NC_020306	CTGT	2	8	23034	23041	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
169	NC_020306	GC	3	6	23080	23085	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
170	NC_020306	GCCCT	2	10	23088	23097	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
171	NC_020306	A	6	6	23124	23129	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_020306	AAT	2	6	23158	23163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_020306	CG	3	6	23188	23193	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
174	NC_020306	GTGC	2	8	23256	23263	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
175	NC_020306	TGA	2	6	23281	23286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
176	NC_020306	CCG	2	6	23362	23367	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
177	NC_020306	ACG	2	6	23375	23380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_020306	CCT	2	6	23414	23419	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
179	NC_020306	AGTG	2	8	23429	23436	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
180	NC_020306	CTC	2	6	23439	23444	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
181	NC_020306	CCA	2	6	23482	23487	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
182	NC_020306	ACG	2	6	23597	23602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_020306	CCG	2	6	23610	23615	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
184	NC_020306	CAC	2	6	23684	23689	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
185	NC_020306	GAA	2	6	23861	23866	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
186	NC_020306	GGC	2	6	23942	23947	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
187	NC_020306	ATG	2	6	23980	23985	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
188	NC_020306	TCC	2	6	23995	24000	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.